Balneoterapií označujeme souhrn léčebných postupů, které pod lékařským vedením využívá přírodních léčivých zdrojů za účelem navrácení optimálních funkcí organismu. Mezi přírodní zdroje patří minerální vody obsahující soli jódu, síry či radonu, které v ortopedických indikacích můžeme používat k regeneračním koupelím.
V místech, kde vyvěrá minerální voda, se vyskytuje i další z léčebných přírodních zdrojů, zřídelní plyn. V České republice jde takřka výhradně o oxid uhličitý, který je zachytáván a používá se k terapii ve formě suchých koupelí, kdy je plyn pacientům na tělo aplikován ve formě vaků. Výhodou je, že tato terapie se může podávat u pacientů, kteří mají na těle otevřené rány. Další možností jsou podkožní injekce plynu. K terapii se často používá tzv. peloidy, mezi něž počítáme rašeliny, slatiny či bahna. Peloidy se podávají ve formě koupelí či zábalů, které vedou k regeneraci nejen svalů, ale i dalších orgánů. Menší uplatnění pro terapii ortopedických a traumatologických postižení má léčba klimatem v místech, kde je prokázáno, že ovzduší není znečištěno vnějšími vlivy. Kromě těchto základních léčebných metod, jsou ve většině lázeňských zařízení používaný další metody z oblasti fyzikální léčby a léčebné rehabilitace (fyzioterapie).
Pro léčbu pacientů v České republice, kteří mají nárok na terapii hrazenou ze zdravotního pojištění, platí indikační seznam vydaná Vyhl. 58/1997, který rozděluje lázeňskou léčbu na komplexní, kdy je pacientům hrazena jak terapie, tak i strava a ubytování, a tzv. příspěvková, kdy pojišťovny hradí léčbu a pacient si hradí hotelové služby. Z ortopedických indikací je možné indikovat balneoterapii komplexní u artrotického postižení kolenních kloubů (gonartrózy), kyčelních kloubů (koxartrózy) či jiných kloubů, v případě, že je pacient neúspěšně dlouhodobě léčen jinými metodami, a artrotické postižení je stupně III. a horší. Výjimkou jsou stavy postižení páteř, při kterých komplexní léčbu může indikovat rehabilitační lékař a to jen ve zcela výjimečných případech funkčního postižení. Nejčastější indikací lázeňské léčby jsou stavy po úrazech či operacích pohybové soustavy, je možné indikovat pacienty ke komplexní terapii jeden rok od operace, kdy mají omezení pohybů kloubů či porušený pohybový stereotyp. Zcela výjimečně je možná terapie jako předoperační příprava před plánovanou náhradou kloubní, je-li nezbytně nutná v rámci přípravy k operačnímu výkonu u pacientů například s omezením pohybů dalších kloubů, které by bránily úspěšnému operačnímu výkonu. Pohybového systému se týká balneoterapie revmatických onemocnění jako je revmatoidní artritida, či morbus Bechtěrev, kde však návrh k terapii nepodává ortoped nebo traumatolog, ale revmatolog. Protože balneoterapie je metodou postupně ovlivňující regeneraci organismu, je vědecky doložené minimum aplikací přírodních zdrojů, které je 21 dnů, proto je terapie většinou indikována 3 až 4 týdny.
Kromě komplexní či příspěvkové terapie se v současné uspěchané době velmi rozšířila krátkodobější balneoterapie, která trvá 3-7 dní, je využívána pro regeneraci psychicky přetíženého organismu a pomáhá napravit či zmírnit stavy způsobené omezenou pohybovou aktivitou. Tyto pobyty nejsou hrazeny pojišťovnou, ale napomáhají klientům k návratu do plného pracovního tempa.
Ministerstvo zdravotnictví v současné době připravuje nový návrh indikačního seznamu, který by měl zásadním způsobem změnit způsob úhrady lázeňské péče. Předpokládá se, že výrazně omezí pojišťovnami hrazenou lázeňskou péči. Je navržen přesun některých nemocí z komplexní lázeňské péče do péče příspěvkové a také by mělo být výrazně omezeno opakování lázeňských pobytů. Předpokládá se, že nový Indikační seznam platí od 1.7. 2012.