Infekční komplikace implantace endoprotézy můžeme rozdělit do dvou skupin. První skupinu tvoří pooperační rizika, kam počítáme pooperační infekci, která svým rozvojem v prvních pooperačních dnech, může zasahovat do kůže a podkoží nebo až endoprotéze. V takovémto případě je nutná urgentní operace, a odstranění hnisu, důkladným vypláchnutím a zavedením proprachové laváže. Bezpodmínečné je podávání antibiotik dle citlivosti.
Pokud je zasaženo včas, podaří se většinou zabránit osídlení endoprotézy mikroby a není nutná výměna celé endoprotézy. Infektykloubu mohou být i dlouho po operaci, kdy dojde k přenosu infekce z ložiska v těle krevní cestou na endoprotézu. Pokud jsou mikroorganismy agresivní, projeví se zarudnutím kloubu, zateplením a přítomností hnisu v kloubu, je postup stejný jako u pooperačního infektu a pokud se zasáhne včas, není třeba výměny celé endoprotézy.
U jedinců s oslabenou imunitou (diabetes mellitus, astma…) může být infekt způsoben neagresivními mikroorganismy (mitingovaný infekt), často přirozeně přítomnými na kůži zdravého jedince, který vede k postupnému uvolnění endoprotézy (septické uvolnění). V případě septického uvolnění je nutné celou endoprotézu operačně odstranit, nahradit vložkou a léčit infekt antibiotiky. Je třeba si uvědomit, že endoprotéza je pro tělo cizorodým materiálem a v případě infektu dochází k osídlení jejího povrchu bakteriemi a speciálním povlakem, ke kterému nemůžou antibiotika a i při jejich správném podávání, mikroorganismy na povrchu přetrvávají a proto je nutné jejich odstranění.
Po zlidnění zánětu je možná implantace nové endoprotézy. U těžkých stavů, u kterých působením zánětu dochází k velké destukci kosti, není možná zpětná náhrada endoprotézou (replantace) je někdy nutné přistoupit na ztužení kloubu (artrodéze). Například u kolene nebo hlezna, nebo nechat část bez kloubu například u kyčle jako tzv. zavěšenou kyčel, kdy se v místě kloubu vytvoří vazivové interpozitum a umožní pacientovi chůzi o berlích. Základní prevencí infekčních komplikací vyléčení infektů v těle pacienta před operací k eliminaci zdroje infektu. V případě infektů u pacientů s již voperovanou endoprotézou je třeba důsledná léčba antibiotiky.
Pokud se pacient s endoprotézou připravuje k operaci, kde hrozí vyplavenímikroorganismů v těle (třeba i jen extrakce zubu), je třeba preventivně zajistit pacienta podáním antibiotik.
Infekt endoprotézy je vždy závažný stav, který je velmi složitě léčitelný a vyžaduje dlouhodobé léčení, často i několik operací s nejistým výsledkem.