Chronická osteomyelitida nejčastěji vzniká přechodem z akutní formy, kdy v místě akutního infektu přetrvávají ložiska, ze kterých při oslabení organismu může dojít k aktivaci infektu. Zdrojem infekce mohou být zbytky mrtvé kosti-sekvestry, chronické abscesové dutiny vyplněné tekutinou nebo vazivovou tkání, ale často může být zdrojem cizí těleso, ať už zanesené při úraze (kamínky, střepiny…), nebo šroub, dlahy či jiný kovový materiál, který je osídlen mikroorganismy.